El clorhidrat de L-cistina és generalment una pols cristal·lina blanca, soluble en aigua i dissolvents alcohòl(fā)ics. El seu punt de fusió és d'uns 213-216 graus centígrads. El clorhidrat de L-cistina té una bona estabilitat i no és fàcil de descompondre. és més estable en condicions neutres o lleugerament àcides i es descompondrà en condicions alcalines. A més, el compost és sensible a la llum i la calor i s'ha d'emmagatzemar en un lloc fresc i sec.