L'acide citrique naturel est largement répandu dans la nature. On le trouve dans les fruits de plantes comme les citrons, les agrumes et les ananas, ainsi que dans les os, les muscles et le sang des animaux. L'acide citrique synthétique est produit par fermentation de substances contenant du sucre, comme le sucre, la mélasse, l'amidon et le raisin.

De nombreux fruits et légumes, notamment les agrumes, contiennent une forte teneur en acide citrique, notamment le citron et le citron vert. Après séchage, cette teneur peut atteindre 8 % (la teneur dans le jus de fruit est d'environ 47 g/L). Dans les agrumes, la teneur en acide citrique varie de 0,005 mol/L pour les oranges et les raisins à 0,30 mol/L pour les citrons et les citrons verts. Cette teneur varie selon la croissance des différentes espèces et plantes cultivées.