Asam sitrat alami tersebar luas di alam, dan terdapat dalam buah-buahan tanaman seperti lemon, buah jeruk, nanas, serta dalam tulang, otot, dan darah hewan. Asam sitrat yang disintesis secara artifisial diproduksi dengan memfermentasi zat-zat yang mengandung gula seperti gula, molase, pati, dan anggur.

Banyak jenis buah dan sayur, terutama buah jeruk, mengandung asam sitrat dalam jumlah tinggi, terutama lemon dan jeruk nipis - buah-buahan ini mengandung asam sitrat dalam jumlah besar, dan setelah dikeringkan, kandungannya dapat mencapai 8% (kandungan dalam sari buah sekitar 47 g/L). Pada buah jeruk, kandungan asam sitrat berkisar antara 0,005 mol/L untuk jeruk dan anggur hingga 0,30 mol/L untuk lemon dan jeruk nipis. Kandungan ini bervariasi sesuai dengan pertumbuhan spesies dan tanaman yang dibudidayakan.