L'acido citrico naturale è ampiamente distribuito in natura ed è presente nei frutti di piante come limoni, agrumi e ananas, nonché nelle ossa, nei muscoli e nel sangue degli animali. L'acido citrico sintetizzato artificialmente viene prodotto dalla fermentazione di sostanze contenenti zucchero come zucchero, melassa, amido e uva.

Molti tipi di frutta e verdura, in particolare gli agrumi, contengono un'elevata quantità di acido citrico, in particolare limone e lime: ne contengono una grande quantità e, dopo l'essiccazione, il contenuto può raggiungere l'8% (il contenuto nel succo di frutta è di circa 47 g/L). Negli agrumi, il contenuto di acido citrico varia da 0,005 mol/L per arance e uva a 0,30 mol/L per limoni e lime. Questo contenuto varia con la crescita delle diverse specie e piante coltivate.